然而近亲结婚的情况就大不相同了。他们之间有很近的共同祖先，因此极可能从共同祖先身上获得了相同的隐性致病基因。所以，近亲之间的婚配产生带有一对等位隐性致病基因的机会远远高于非近亲婚配，近亲结婚不利于优生，故《婚姻法》明确规定，禁止直系血亲及三代以内的旁系血亲之间的婚配。
但是在古代，对于一个家族而言，是禁止同姓结婚但不禁止近亲结婚的，因为在古人看来子女身上流的血是父亲的，是一脉相传，而同姓的人被认为是本家，身上流的血是一样的，所以禁止他们结婚。而近亲结婚都是表亲，而不是堂兄妹，身上所流的血并不是来自一个家族，让这样关系的男女结为夫妻，更是亲上加亲。在古代有很多近亲结婚的例子，像汉惠帝便是娶了自己的亲外甥女张嫣做为皇后；而汉武帝头一个皇后陈娇，是他姑表姐；康熙的第三位皇后佟佳氏是自己的嫡亲表姐妹（他母亲佟佳氏的侄女儿），光绪则娶了慈禧太后的侄女，自己的表姐叶赫那拉氏，也就是隆裕皇后。 近亲结婚的习惯从古代就一直流传下来，在现代社会情况很大程度的好转，但是在很多少数民族地区依然残留着近亲结婚的习俗，如贵州苗族。黔南自治州水族的“姑舅表婚”，即姑家长女必须优先嫁给舅家之子，如舅舅家表示不娶，姑姑家的长女才可以嫁给他人。这种婚俗被称为“还娘头”或者“铁杆婚”，认为是“亲上加亲辈辈亲”
近亲结婚隐患多多，不仅很大程度的提到了新生儿先天性遗传病的发病机率，影响孩子一生的幸福，而且对于整个家庭来说也是非常沉重的负担，甚至对于整个国家的下一代都是非常大的威胁。
3、与婚姻登记制度的冲突
婚姻登记制度包括结婚登记制度和离婚登记制度，我国《婚姻法》第八条规定，要求结婚的男女双方须亲自到婚姻登记机关进行结婚登记。符合本法规定的，予以登记，发给结婚证。取得结婚证，即确立夫妻关系。未办理结婚登记的，应当补办登记。《婚姻法》第三十一条规定，男女双方自愿离婚，准予离婚。双方必须到婚姻登记机关申请离婚。
婚姻登记制度是直到近代社会才被确定下来的婚姻制度，在以前是没有这项规定的。中国古代对于结婚和离婚向来只重视仪式，而且是非常重视婚姻仪式。就结婚而言，中国的传统婚俗有“三书六礼”“三拜九叩”这些繁俗礼节。所谓“三书”，就是指聘书、礼书、迎亲书。“六礼”则是指纳采、问名、纳吉、纳征、请期、亲迎，而在这之间更有换庚谱、过文定、过大礼、安床等一系列的活动。由此可见传统婚俗对于结婚仪式的看重。
但是，正是因为太过于的关注仪式的地位，忽视了其他制度的作用。使得至今在一些少数民族地区，很多少数民族年青男女依然采用仪式制结婚，即按照民间习俗，在亲朋好友的见证下举行结婚仪式，再举办结婚宴会，婚礼就算完成，男女双方就算是结为夫妻，双方并不到婚姻登记机关进行登记。在贵州一些苗族聚居的地方，很多年青男女都是采用仪式婚，对于他们来说，婚姻能够得到村寨人的认同才是最重要的，进行婚姻登记并领取结婚证并不是最重要的。仪式制结婚存在不可忽视的缺陷，要想更好的维护夫妻间的身份关系，更好的保护夫妻间的合法财产权益，在缔结婚姻关系时就不能仅仅举行婚姻仪式，更应该去到婚姻登记机关进行结婚登记。
同样，离婚登记也是至关重要，其作用和地位与结婚登记是一样的。可是同样是来自于自古就有的习俗，在婚姻当事人没有婚姻自由，妇女没有离婚权利的社会里，妇女地位低下，只能说是男人的附属品，所谓离婚制度只能说是弃妻制度，决不能和现代的离婚制度同日而语。所以相比较于结婚而言，离婚更显得随意，连仪式都比结婚要简单的多，丈夫的一纸休书便可以将妻子赶出家门，根本不用说进行离婚登记或者考虑妇女的权益。
婚姻登记制度是我国《婚姻法》实施中非常重要的一项制度，它有利于保障我国婚姻制度的实施，有利于保护婚姻当事人的合法权益，有利于防止和制裁反婚姻法的行为。对于调整和协调全国婚姻关系和家庭关系有着非常大的作用。
造成冲突的原因
传统文化的影响
中华文明上下五千年，可谓是博大精深、源远流长，以至于至今对人们依然有着很深远的影响。自周朝时期的周礼制度到春秋战国的儒家思想，再到明清时期的程朱理学，无一不在约束人们的行为，为人们的行为制定道德准则。当然，对后世影响最大的还是孔夫子所创立的儒家思想，它提倡人们遵循周礼，凡是皆以“礼”为标准，程朱理学师承儒家思想，更是极大程度的限制了当时人们的行为。不论是儒家思想还是程朱理学，千百年来早已深入人心，在人们的心中形成了既定的对错准则，而《婚姻法》的实行正是在婚姻家庭关系领域对这些准则最大的冲击，国家立法讲究科学原则，单以对结婚对象的限制而言，法律考虑的因素包括生理、社会伦理以及遗传学和优生学等多个方面，而不仅仅是个人内心的对错之分。对于普通人而言，多少年来对与错一直是这样的判断，可是，现在法律却将曾经对的事情判定成了错的、曾经错的事情变成了对的，如此大的转变，对于一直接受传统思想教育的人们来说似乎确实有点难以接受。
地理因素
中国古代地形地貌与今天有着很大的不同，人类主要的居住地是在黄河流域，南方多阴雨、道路湿滑，直到后期才得到开发。正是由于很多人居住的地方却不是很优越，加上早期的中国受交通工具的限制，很多地区交通条件很不便利，与外界的联系和交流也非常少，这就使得当地的生产力十分落后、社会进程十分缓慢，同时也就导致了这些地区的人思想观念的落后。进入现代社会以后，在外力的驱使和推动下，这些原本封闭的地区发生了巨大的改变，交通的便捷使得信息的传递和交流变得方便起来，外界新鲜事务带来的冲击使得人们一时难以接受，旧的思想和观念依然存在。
国家因素
我国新的《婚姻法》是于1981年1月1日开始实行的，相比较于以前的婚姻法有了很大的进步，对于婚姻家庭关系也有了更加详细的规定。可是，即使是这样的一部法律同样也有一定的不足，也正是因为这些不足，才使得一些人钻法律的漏洞，做出了很多在社会上为人所不齿但又无法以法律来制裁的行为。例如，我国婚姻法和刑法只规定了禁止重婚的行为——《婚姻法》第十条规定，具有重婚情形的，婚姻无效；《刑法》第二百五十八条规定，有配偶而重婚的，或者明知他人有配偶而与之结婚的，处两年以下有期徒刑或者拘役。但是到目前为止，我国法律并没有对社会上十分严重的“包二奶”现象作出有效的规定，因为根据罪刑法定原则的要求，从重婚罪的客观要件上考察，“包二奶”行为虽然具有违法性和一定的社会危害性，但从总体上讲尚不属建立婚姻关系的行为，不宜认定为重婚。可是这样的行为却实实在在的败坏了社会风气，损害了社会公德，破坏计划生育国策，甚至造成许多家庭破裂，具有非常严重的社会危害性。如果国家可以制定法律规范对于类似的行为进行约束，相信不管是多么顽强的封建观念，也都会从我们身边淡去的。
婚姻习俗与《婚姻法》的变通
《婚姻法》是我们国家的制定法，是婚姻家庭关系的基本准则，具有非常广泛的普遍性和约束性，是全体公民都必须遵守的。但同时，传统婚俗与婚姻法的冲突也是客观存在的，如何去调整这两者之间的冲突是一个十分值得深思的问题。要想做到既有利于国家法制的推行，又能促进社会和经济的发展，还要促进民族的团结和少数民族以及农村地区的法制建设，必须谨慎处理二者之间的关系。
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